“天哪，想到一个人的一生就像一只中性的蜜蜂不停地工作、工作却一无所获，就令人无法容忍。不，不，不该这样。设想一辈子就孤独地生活在伦敦烟熏肮脏的房子里。只要想象你自己有一个美好温柔的妻子，坐在温暖的火炉旁的沙发上，有书，也许还有音乐……结婚——结婚——结婚。证毕。”

1838年，29岁的达尔文像解一道数学题一样，比较了结婚的好处和坏处之后，决定结婚。但是找谁结婚呢？他的初恋情人范妮·欧文已在6年前嫁人。他的姐妹们曾经想撮合他和另一个范妮，大他3岁的表姐范妮·韦奇伍德。她性格温和、有洁癖、勤劳刻苦，适于当乡村牧师（达尔文的原定职业）的妻子。我们不知道达尔文对这个安排有何意见，他从未在信中提到这位表姐。但是不管达尔文本人是否看得上这位身材矮小、相貌平平的表姐，此时已无关紧要——范妮·韦奇伍德已在6年前病死。

合适的人选只剩下韦奇伍德家的小女儿、大达尔文9个月的爱玛。爱玛与她的姐姐大不一样，她漂亮、优雅、聪明、开朗、善解人意、多才多艺，喜欢射箭、骑马、跳舞、溜冰，受过良好的家庭教育，懂法语、意大利语和德语，有音乐天赋，曾经到巴黎向肖邦学钢琴。这样的女子自然有众多的追求者，但她拒绝了多次求婚，把自己变成了大龄女青年，原因是要照顾中风卧床的母亲和有残疾的大姐伊丽莎白。如果达尔文不来求婚，她很可能一直保持单身。女儿为照顾父母错过姻缘终身不嫁在当时并非罕见，达尔文的二姐苏姗、达尔文的四女儿伊丽莎白都是如此。

“他是我见过的最开放透明的人，他说的每个单词都表达了他的真实想法。他充满深情，对他的父亲和姐妹都非常好，十分和蔼，并拥有一些能让人备感愉快的小优点，例如对人不挑剔和善待动物。”爱玛在给姨妈的信中如此描述她从小熟悉的表弟。达尔文的求婚虽然让她感到意外，但还是立即接受。两个多月后，1839年1月,两人闪电结婚，开始了持续40多年的幸福和谐的姻缘。

在达尔文列出的结婚好处中，排在第一位的是“孩子”。婚后的16年间，爱玛不间断地处于怀孕、生产、哺乳、断奶、怀孕……的循环中，生下了10个孩子。达尔文想要的不是一个事业助手，而是生活伴侣，能照看家庭，聊天，分享音乐，“教会我有比沉默孤独地构建理论和积累事实更大的快乐”。在这方面爱玛非常称职，她全身心地照顾丈夫和子女。达尔文并不觉得有让爱玛参与或深入了解其科学研究的必要，爱玛也不觉得达尔文的研究有多大的意思，但是必要时她帮他做实验和校对。她看重达尔文的科学研究，不是因为认为其有趣或能带来名望，而是因为她知道这对达尔文来说有多么的重要。

唯一的问题是宗教信仰。和当时普通女子一样，爱玛是个虔诚的基督徒，而达尔文自从环球航行归来，就对基督教信仰产生了怀疑。达尔文的父亲也不信教，但是他忠告达尔文，要像他一样向妻子隐瞒自己对宗教的看法，否则会影响家庭幸福。但是“透明人”达尔文在结婚前就向爱玛坦白了自己不信教，并透露了自己在秘密研究进化论。这成了爱玛一生的烦恼，她担忧的是他们死后不能一起上天堂永远在一起。按照基督教的教义，像达尔文这种不信基督教的人只能下地狱，除非能在死前皈依基督教。

在婚后不久，爱玛发现自己怀孕后，促使她更现实地思考死亡的问题:在当时，这并非多虑，达尔文的表哥福克斯的妻子和达尔文儿子弗朗西斯的第一任妻子都是因为生小孩死的。爱玛给达尔文写了一封信，虽然他们生活在一起，但是她显然觉得这个问题重大到需要用文字来表述。她表示尊重达尔文对基督教的怀疑，但是也相信达尔文的看法还未定型。她希望达尔文在科学研究中养成的除非已被证明否则就不相信的习惯，不要影响到他对无法用相似的方法证明、超出人们的理解能力的其他事情的判断。这对她来说很重要，“任何关系到你的事情同样关系到我，如果我想到我们不能永远相互拥有，对我来说将会是最不幸的事。”

达尔文此时对基督教的看法的确还未定型，他只是无法相信基督教《圣经》叙述的是真实的历史，无法接受《圣经》中那位暴虐、凶残的上帝，无法相信基督的神迹会是真实的……事实上，他直到大女儿安妮夭折才彻底地否定了基督教。“怀疑以一种很慢的速率在我的心中滋长着，但最后还是完成了。”达尔文晚年在自传中回顾自己的心路历程时写道:“速率是那样地慢，以至于我没有感到有什么苦恼，而且此后我连一秒钟也没有怀疑过我的结论是正确的。真的，我很难明白人们怎么能够希望基督教是真实的，因为果真如此的话，其经文以明明白白的语言表示了，凡是不信仰基督的人，其中包括我的父亲、兄弟以及几乎一切我的最好的朋友，都要永世受到惩罚。这真是一种可咒诅的教义。”

20多年后，当达尔文病重时，爱玛又给他写了一封类似的信。但是一切已晚。在科学理性和亲人感情之间，达尔文选择了前者。他知道这样的选择对爱玛来说意味着什么。基督教“可咒诅的教义”在他们之间划下了一片“痛苦的空间”（爱玛语），达尔文只能默默承受。他珍藏着这两封他没有答复的“美丽的信”，和他的手稿放在一起。晚年的某一天，达尔文翻出了第一封信，想到了爱玛无法摆脱的苦恼，想到了她永远不变的爱，在信的下方加了一句:“当我死时，你要知道，有许多次，我亲吻它并为之哭泣。”