朱元璋建立明朝以后，为扫除元残部，派宋国公冯胜率兵三路平定河西获胜，修筑了嘉峪关明长城，重修了肃州城。明王朝为了加强西北边疆的防卫，设置了关西七卫。永乐三年（公元1405年），在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密，敦煌面临威胁。明王朝又在沙州古城设置罕东左卫。正德十一年（公元1516年），敦煌被吐鲁番占领。嘉靖三年（公元1524年），明王朝下令闭锁嘉峪关，将关西平民迁徙关内，废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌旷无建置，成为"风播楼柳空千里，月照流沙别一天"的荒漠之地了。

　　清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。雍正三年（公元1725年），在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业得到很快的恢复和发展形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命，1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。 1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。1986年被国务院命名为"中国历史文化名城".