据宋教仁的记载，他在得知了孙、黄争执后感到心灰意冷，他在《民报》社向黄兴提出辞去同盟会职务及《民报》职务，黄兴开始不应，过了一会，突然也提出要退会，当时《民报》的诸革命党人俱在。第二天，宋教仁果然如日记中说的那样向孙中山当面辞职并转交文件，孙文一直挽留，宫崎滔天也仍旧想撮合他们关系，但此时宋的去意已决。

眼看事情越闹越大，黄兴为了大局，只好自己退让一步，他事后向胡汉民写信表示愿意服从孙中山的决定。尽管如此，他本人仍旧“意颇怏怏”。“争旗”事件对同盟会的发展影响颇大，黄兴这一退，以后便一直以大局为服从，但宋教仁等人就未免与孙中山及他的广东人马心存芥蒂了（所谓“烧炭党人”，即太平军“粤匪”之讥也）。

宋教仁与孙中山的龉龃由来已久。在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，就保存有宋教仁对孙中山的一些印象不佳的看法，如1908年11月23日，宋教仁曾说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的”；1910年12月，宋教仁与日本朋友串户真左树的谈话中说：“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”

1910年12月，宋教仁结束了近六年的流亡生涯返回上海，在于右任的邀请下，他担任了《民立报》的主笔并写下了大量的革命评论。次年3月，宋教仁赶赴香港，参与筹备同盟会的广州起义，但由于指挥上的混乱与仓促，当宋教仁、何天炯、陈其美这路人马在4月27日凌晨抵达广州城时，只见城门紧闭，起义已然失败。宋教仁等人无奈之下，只好再经香港返回上海。

黄花岗起义的失败对同盟会构成了沉重的打击，其不仅损失了数十名宝贵的精英分子，而且革命士气几近于摧毁。事后，革命党内部弥漫着一种绝望的气氛，如起义的指挥者之一赵声不久后即郁郁而终，而一向稳重的黄兴也不顾自己被炸断两根手指而执意要去行刺李准——当时的广东水师提督，镇压起义的罪魁祸首。自始即不赞成暗杀活动的胡汉民，这次居然也表示赞成。

宋教仁素有大志，他曾在1902年就放言：“天下苦满政久矣。若有英雄起，雄踞武昌，东扼九江，下江南；北出武胜关，断黄河铁桥；西通蜀；南则取粮于湘。系鄂督之头于肘，然后可以得志于天下矣”，可笑同游们还讽其为“狂生”。鉴于北方的保守势力过于强大，宋教仁、谭人凤、陈其美等人于1911年7月31日组织“中部同盟会”，试图以长江中下游地区为重点，培植革命力量，伺机发动起义。此时距武昌起义仅有两个月零十天。

武昌起义后，宋教仁与黄兴等人到达武汉，据随同前往的日本浪人北一辉回忆，宋教仁当时以留日学生领袖的身份活跃于革命党人阵营，他“一路行来，从未有疏离之感。且不论革命军中的高级干部如上海的陈其美、汉阳的黄兴以及他所追随的宋教仁等都是留日学生外，他在武昌都督府眼见留学生如潮水般的从日本赶回内地，晋见宋教仁等待分配工作等实况也在提示他，这是一场由留日学生发起的革命”。

北一辉抵达中国后的第一封书函，就是向内田良平提到他在上海的观察，他发觉中国革命的大本营设在《民立报》，而《民立报》的革命同仁在筹划各地革命起义时，无一不是按宋教仁原先所规定的方案执行。按照北一辉的说法，报社内同仁动辄就举宋教仁之名以为背书，无论行何事，皆称是宋先生之意办理。

抵达武昌后，宋教仁最初协助胡瑛办理外交，之后起草了一份革命史上至为重要的文件，那就是《鄂州约法》，这也是中国历史上第一部共和制宪法性文件，之后的《临时约法》即以此为蓝本。但不幸的是，首义地武昌的局势在北洋军的攻击下迅速恶化，宋教仁与黄兴等人在事无可为的情况下相继回沪，并协调江浙联军于12月2日攻下南京，扭转了岌岌可危的革命形势。在新成立的江苏都督府中，宋教仁担任政务厅长，并打算推举黄兴为革命政府的新领导人。

对于归来中的革命领袖孙中山，宋教仁似乎仍抱有成见。据北一辉在《支那革命外史》中的记载，宋教仁并不欢迎孙中山的到来，当北一辉从上海到南京去劝说他拥护孙中山时，宋教仁气得满脸通红：“老兄你也学日本浪人的那一套吗？你的大元帅主张误了事，黄兴的优柔寡断又误了事，孙中山的空想再来误事的话，革命将怎么办呢？黄兴食言不来也无所谓，我有兵力，决不允许孙派的人踏进城门一步！” (责任编辑：鑫报)