后来，张继等人也来劝他，宋教仁这才回到上海参加同盟会在哈同花园举行的孙中山欢迎会。但在几个关键性问题上，宋教仁与孙中山等人存在严重的分歧，如政权组织形式上，宋教仁主张内阁制，孙中山等多数人主张总统制；在中央与地方问题上，胡汉民主张地方分权，而宋教仁主张中央集权；在定都问题上，宋教仁坚持己见，主张定都北京，他认为迁都南京即为放弃蒙满，而以他在东北的经验，对日俄之野心极其明了。

尽管宋教仁在南京临时政府的成立过程中起了重大作用，但孙中山被推选为临时大总统后，宋教仁仅被任命为法制院院长，很多人为宋教仁未能担任内务总长而抱屈，但宋教仁却不以为意：“总长不总长，无关宏旨。我素主张内阁制，且主张政党内阁，如今七拼八凑，一个总长不做也罢。共和肇造，非我党负起责任，大刀阔斧，鼎故革新，不足以言政治。旧官僚模棱两可，畏首畏尾，哪里可与言革命、讲共和？”

清帝退位后，孙中山按约定辞去临时大总统，袁世凯与总理唐绍仪提名他做农林总长，但这个职位也未能让宋教仁感到满意。而且，首任内阁未及三个月，唐绍仪即与袁世凯闹矛盾挂冠而去，宋教仁与其他同盟会籍的总、次长也随后辞去了内阁职务。

1912年8月，宋教仁主持了解散同盟会并与统一共和党、国民公党、国民共进会、共和促进会合并成立新的“国民党”的工作，以图在之后的国会选举中实现真正的政党内阁。

对解散同盟会的举动，很多革命党人都不能理解，宋教仁向他们耐心的解释说，“以前，我们是革命党；现在，我们是革命的政党。以前，我们是秘密的组织；现在，我们是公开的组织。以前，是旧的破坏的时期，现在，是新的建设的时期。以前，对于敌人，是拿出铁血的精神，同他们奋斗，现在，对于敌党，是拿出政治的见解，同他们奋斗……。我们要在国会里，获得过半数以上的议席，进而在朝，就可以组成一党内阁，退而在野，也可以严密监督政府，使它有所惮而不敢妄为，该为的，也使它有所惮而不敢不为……。”

在宋教仁与其他革命党人的共同努力下，国民党在之后的选举中赢得了空前的胜利，而宋教仁极有可能出任新的内阁总理。但谁也没有想到的是，1913年3月22日，就在宋教仁准备从上海火车站北上之时，一颗罪恶的带毒的子弹结束了他年轻的生命。

颇令人费解的是，在国民党选举胜利并有望组织责任内阁的“大好形势”下，国民党的名义领袖孙中山却对此十分冷淡，他没有就组阁问题发表意见，甚至有意与宋教仁避而不见。

1913年2月13日，宋教仁自汉口沿江东下，于2月15日抵达上海，当时住在黄兴家中。最吊诡的是，1976年中华书局出版的《孙中山年谱》中竟然没有1913年3月27日之前的任何行踪记录，而1912年的记载几乎详细到了每一天。

事实上，孙中山系2月10日乘山城丸赴日本进行考察访问，他为何不肯稍作停留等待宋教仁来沪商议组阁问题而非要急匆匆的赶赴日本进行并不急切的考察呢？

据《长沙日报》的报道，1913年1月8日，宋教仁在湖南都督谭延闿主持的国民党湖南支部欢迎会上演说时，宋谈到了黄兴、谭人凤、孙武、居正、黎元洪、袁世凯及自己对于辛亥革命的贡献，而对于名声在外的同盟会领袖孙中山却只字未提。

次日，宋教仁在湖南铁道协会欢迎会上更是对孙中山的“十年十万里”铁路计划予以商善意的嘲讽：“前孙先生发表六大干线，有赞成者，有待筹商者，但是孙先生对于内地经历尚少，必须考验测量乃能得其要领。”

在宋教仁死去十年后，孙中山派系的人马（粤系）仍对原华兴会的宋教仁、黄兴等人（湘系）耿耿于怀，如1923年11月，孙中山在广州的一次演说中，依然强调自己当年不甘心被“宋教仁、黄兴等一般旧革命党人”所制；而自命为孙中山接班人的戴季陶，其在《三民主义之哲学的基础》一书中更是以背叛革命、背叛党魁的道德罪名对宋教仁实施政治清算：“用丢了革命性和主义的一群政治势力集团为基础，去与反革命的官僚妥协，以图在短时期内掌握政权。公平的批判起来，革命党的第一个罪人，实在是桃源渔父！” (责任编辑：鑫报)